在自然人股东转让股权时，当初只有认缴资金而没有实缴金额，确认股权原值是一个关键步骤。
根据《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条规定，以下是关于股权转让计算个人所得税时如何确认股权原值的相关信息：
一、股权转让原值的确认方法：
1、现金出资方式取得的股权：按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。
2、非货币性资产出资方式取得的股权：按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。
3、无偿让渡方式取得的股权：具备特定情形时，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值。
4、被投资企业转增股本：个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。
5、主管税务机关的合理确认：除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
二、股权转让个人所得税的计算：
应纳税所得额的计算：股权转让收入减去股权原值和合理费用后的余额。
税率和缴纳方式：股权转让所得适用20%的比例税率，个人所得税的计算公式为：个人所得税 = 应纳税所得额 × 20%。
注意事项
如果自然人股东未缴足资本的部分未约定补缴，则股权转让时，原股东转让的股权原值应确定为0元。
个人转让股权未提供完整、准确的股权原值凭证时，由主管税务机关核定其股权原值。
通过上述方法，自然人股东可以准确计算股权转让的个人所得税，确保税务处理的合规性。
根据《国家税务总局关于发布〈股权转让所得个人所得税管理办法（试行）〉的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条规定，以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。
因此，自然人股东未缴足资本的部分不得计入股权原值。
那么，股权转让时，如何判断股权转让价格是否公允呢？
判断股权转让价格是否公允，目前并没有明确的政策规定可以从以下几个方面判断作为参考：
1、股权转让收入是否低于股权对应的净资产份额；股转价格低于净资产份额的，税局可能会认为价格偏低，若没有合理理由，一般主管税务机关不会认可；
其中被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关会要求具有法定资质的中介机构（如资产评估师事务所）做整体资产评估，出具资产评估报告，看股权转让收入是否低于按照资产评估报告确定的股权转让收入。
2、股权转让收入是否低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费。
3、股权转让收入是否低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入。
4、股权转让收入是否低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入。
对于上述自然人转让股权时，如何计算股权原值，如您还有任何疑问欢迎留言沟通交流！
