在金融商品转让过程中，适用于差额纳税的原则。然而，有部分企业在股票交易中未能妥善处理增值税相关事项，这既可能导致增值税的申报出现错误，也可能对企业所得税的汇算清缴产生影响，从而带来一系列的税务风险。
以一个案例为例：
甲公司是一家进行制造业的增值税一般纳税人，同时也从事证券投资业务，采用的是企业会计准则。在2022年7月，甲公司购买了乙股份有限公司在证券市场上发行的70万股股票，每股价格为10元，同时也支付了10570元的佣金、经手费和过户费等。根据股票业务的模式和合同的现金流量特性，甲公司将这些股票划分为以公允价值计量且其变动计入当期损益的交易性金融资产。
2022年9月，甲公司转让了15万股股票，每股的成交价格为9.5元，股票转让过程中产生的税费为3598元。然后在2022年12月，甲公司卖出了剩余的55万股股票，每股的成交价格为12元，交易中产生的税费为16665元。在处理企业所得税时，甲公司确认了2022年度转让股票的收益为994167元。
然而，甲公司却有一个疑问：如果不考虑附加的税费，那么股票转让是否需要缴纳增值税？这是基于什么政策规定的？应如何进行纳税申报？
在政策规定方面：
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》的规定，金融商品的转让属于金融服务范围，包括转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。股票作为金融商品，当发生股票转让业务时，应按照财税〔2016〕36号文件附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第（三）款相关规定进行处理。
这意味着，甲公司应该以卖出价减去买入价后的余额作为
销售额。对于转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额作为销售额。如果相抵后出现负差，可以结转到下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但如果年末仍有负差，则不能转入下一个会计年度。在计算金融商品的买入价时，可以选择使用加权平均法或移动加权平均法进行核算，一旦选择，36个月内不能更改。同时，转让金融商品不能开具增值税专用发票。
在税务处理方面：
在初始确认环节，甲公司在2022年7月购入股票时，将其划分为以公允价值计量且其变动计入当期损益的交易性金融资产，这符合《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》的规定。股票的买入价为7000000元，这是未来转让股票收入的抵减项目。交易费用10570元不计入股票的买入价。
在2022年9月和12月转让股票时，甲公司应该按照以上的规定进行处理，计算并申报增值税。因为甲公司未计提增值税销项税额，导致利润被过多计算，因此，需要调减当期企业所得税应税所得额58018.87元。
在纳税申报方面：
甲公司应该修正2022年9月和12月的增值税申报。在修正申报后，甲公司在2022年9月不需要补缴增值税，但在2022年12月需要补缴增值税58018.87元，并补缴相应的滞纳金。